由于風(fēng)冷式冷水機組中的空冷凝汽器數(shù)量較多，通常難以布置。另一方面，過小的水冷式冷水機組不利于使用。因此，對中小型同類型風(fēng)冷機組與水冷機組進行了比較。

水冷式冷水機組真空冷凍干燥機采用冷卻水冷卻方式，采用水泵、冷卻塔和循環(huán)管道對冷水機組進行冷卻。從水冷裝置的角度看，可分為內(nèi)部水冷和外部水冷。對于內(nèi)置式水冷系統(tǒng)，主要由散熱器、水管、水泵和足夠的水源組成，這意味著大部分水冷散熱系統(tǒng)體積較大，要求箱體內(nèi)部空間足夠。因此，風(fēng)冷式冷水機組只需要風(fēng)冷式冷凝器或風(fēng)扇。水冷式冷水機組需設(shè)置冷卻塔、水泵及循環(huán)管道。在結(jié)構(gòu)上，水冷比風(fēng)冷復(fù)雜。

風(fēng)冷式制冷機組適用于水源緊張地區(qū)，年運行時間越長，風(fēng)冷式制冷機組對制冷系統(tǒng)越有利。風(fēng)冷式冷水機組的年綜合成本低于水冷式系統(tǒng)，但如果管理得當，補水控制在3%以下，則風(fēng)冷式冷水機組的年綜合成本低于風(fēng)冷式系統(tǒng)。

水冷系統(tǒng)的缺點：對于開式冷卻循環(huán)水系統(tǒng)，由于冷卻水吸收熱量，與空氣接觸，二氧化碳逸出到空氣中，水中溶解氧和濁度增加，冷卻循環(huán)水系統(tǒng)存在四大問題：腐蝕、結(jié)垢，細菌、藻類繁殖和污泥。如果不對水質(zhì)進行處理，會嚴重損壞制冷設(shè)備，大大降低換熱效率，造成能源浪費。因此，對系統(tǒng)水進行緩蝕、阻垢、殺菌和藻類控制具有十分重要的意義。

空冷系統(tǒng)的缺點：空冷機組真空冷凍干燥機的單位制冷量電耗略高于水冷機組，但空冷機組的年綜合成本與水冷機組基本相同。技術(shù)經(jīng)濟分析結(jié)果表明，中小型制冷機組采用空冷凝汽器是合理的。制冷機組年運行時間越長，風(fēng)冷冷凝方式越有利。

風(fēng)冷式冷水機組初期投資較高，單位制冷量電耗略高于水冷式冷水機組，但風(fēng)冷式冷水機組年綜合成本與水冷式冷水機組基本持平。冷水機組的年運行時間越長，對風(fēng)冷機組越有利。風(fēng)冷式冷水機組的投資回收期比水冷式冷水機組的投資回收期短。水冷式冷水機組冷卻水補水量是影響其成本的重要因素。加強維修管理，降低用水量是降低真空冷凍干燥機成本的重要方面。